2015年新疆将全面启动县级公立医院改革，是改革的关键阶段。在关于自治区公立医院改革情况的调研报告中，也指出了改革中遇到的困难和问题，并提出建议。
　　据阿不都萨拉木·；吾买尔介绍，如何建立切实可行的财政补偿机制，已成为自治区县级公立医院改革的瓶颈。同时，医疗资源分布不合理、发展不均衡，基层医疗卫生人才严重缺乏、人员流失严重。加之公立医院缺乏改革内动力，其他改革配套的不完善等等，自治区县级公立医院改革面临着诸多的问题。
　　对此，自治区人大常委会调研组建议，破除以药补医，建立健全稳定的补偿机制。因药品零差率销售而减少的合理收入，通过理顺医疗价格、增加政府投入、医院挖潜节约等途径予以补偿，抓紧建立坚持公益性、调动积极性、公立医院可持续发展的新机制。
　　建议加大人才队伍建设的同时，健全医院管理，规范医疗行为。通过推动公立医院管理制度化、规范化、程序化提高科学管理水平。推行管办分开，落实公立医院自主权，构建医院决策、执行、监督相互分立、相互制衡的新机制。坚持以病人为中心的理念，优化诊治流程，改善就医环境。同时通过引进人才、改善硬件条件等措施，加强临床重点专科建设，提升县级医院医疗技术水平，使县域内常见病、多发病能够在县医院得到诊疗，要保证县域内就诊率提高到90%。
　　建议加快分级诊疗制度建设。首先建设好基层队伍，同时利用价格和医保杠杆，引导群众到基层看病，逐步形成基层首诊、分级诊治、双向转诊的就医制度。加大投入，对远程会诊中心资源进行整合，建立覆盖全区县级以上医院的统一远程医疗体系。

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