为实现大型医院科学发展，创建人民满意医院的目标，优化医院管理，挖掘内部潜力，提升医疗服务质量，进而推动医院事业的发展。北京大学口腔医院自2005年7月开始，采取自上而下、先易后难、稳步推进的方法，在全院推行了科室绩效管理制度。

    由于我国医院长期实行院、科两级负责制，科室成为管理的最小行政单位。在医院、科室、岗位三级绩效管理中，科室的绩效管理是核心环节，是落实绩效管理的关键。因此，北京大学口腔医院以科室为主体进行绩效管理，而各个科室针对各自情况和考核指标针对职工进行绩效管理。
    在绩效管理中绩效评估环节最为关键，起着承上启下的作用。医院绩效评估是指运用数理统计和运筹学方法，采用特定的指标体系，对照统一的评估标准，按照一定的程序，通过定量和定性对比评估，对医院一定经营时期的经营效益和经营者业绩做出客观、公正和准确的综合评判。绩效评估环节既要对预先设定目标的完成程度进行评价分析，又要将绩效成绩与上级领导和科室、职工进行反馈和沟通。
    北京大学口腔医院目前采取的是将绩效考核成绩同科室奖金挂钩的办法，根据考核成绩测算出科室的绩效奖金。医院每月将科室奖金提取出一定的比例作为考核奖金，根据绩效考核成绩的高低，奖优惩劣。成绩高的科室，将得到较高的绩效奖金；而考核成绩低的科室，将得到较低或不得绩效奖金。因此，在得到考核成绩后，如何选择一个公平、有效的测算方法就成了关键问题。