应对潜在“财务窟窿”的方式主要有三个个途径：

　　一个是政府补贴。目前，深圳公立医院的政府补贴约占收入的17％，这一比例将对港大深圳医院放宽，五年内逐步降低。不过，政府投入的力度不可与香港而语。香港政府计划在2012至2013财年，向医管局提供约411亿港元的拨款。虽然深圳过去10年在医疗领域上的投入在全国已经是佼佼者了，但还只相当于香港一年半的投入。

　　另一方式则是以特需医疗反哺基本医疗。港大深圳医院是深圳**的综合性医院，占地面积约19．2万平方米，总建筑面积35万平方米。完全建成后，将设有普通床位1700张（含ICU床位72张）、VIP特需诊疗中心床位300张。其特殊医疗服务占总收入的比例，比一般公立医院的10％的上限高出许多，可以达到20％-30％。由于尚无数据，这部分服务能否覆盖医院的运营成本，尚不可知。

　　而在医院管理者的眼里，该医院并不以营利为目的，收支平衡则可。“千山万岭吾独行，千军万马吾不惊”，院长邓惠琼强调，“不用担心，这家医院有它的方法。”这家医院有什么办法呢？无非有尚方宝剑而独立与众多公立医院之外？

　　早在2009年，深圳卫人委就指出，深圳和香港在医院资产管理、人员聘用、薪酬管理、政府补贴、绩效审计等方面都有较大差距，实施港大深圳医院项目具有较高的复杂性和较大的难度，并建议合作双方要认真研究两地的法律制度，以减少项目实施过程中的争议。

　　港大深圳医院实际上是香港一家非政府机构和深圳一家公立医院的一种合作，但由于体制、机制与筹资渠道不同，双方如何合作缺乏理论的和法理的根据，诸多细节性的问题没有解决，而这家医院就在诸多悬而未决的机制问题中诞生。

　　如上述医疗支出结构，香港80％是工资支出，20％才是医疗器械药品。而内地公立医院几乎是正好相反。且香港医生的平均收入较高，就算10倍于深圳，给三五万元，也是一种磨合，是对现有制度的一种冲击。

　　三是建议港大医院股份制改革。

　　深圳一家三甲医院的副院长透露，港大深圳医院沿袭的是香港公立医院的模式，但是大的土壤———也就是目前内地的整体医疗环境并没有根本的改变，就拿设备资金的审批来说，依旧是多个部门层层审核的体制下，港大深圳医院显然还不能在这种机制下如鱼得水，港思维和深智慧不能结合，水土不服是必然结局。

　　一方面政府希望港大深圳医院能够提供优质的基础医疗服务，而另一方面又无法解决长效的补贴问题，优质和廉价本身就是矛盾的。而且官方仍未思考透彻的一个问题是，即使港大深圳医院本身具备模板效应，但是否能够复制仍然是一个巨大的问题，毕竟需要的财政补贴数字十分庞大。对于目前受到诟病的内地的医疗体制来说，之所以有大处方和大检查的问题，在于医院的趋利性，但归根结底，医院的趋利性正是政府对医疗投入不足导致，如果港大深圳医院也面临青黄不接的问题，服务和管理质量仍难以保证。

　　如果官方认为成本过高，可以通过社会股份制的方式来改造这家医院，公开招标社会资本来介入，高端医疗行业的市场前景依旧看好。